Scheele sinh ra ở Stralsund, Tây Pomerania, Đức (tại thời điểm đó thuộc Thụy Điển). Thay vì trở thành một thợ mộc như cha của mình, Scheele quyết định trở thành một dược sĩ. Sự nghiệp một dược sĩ của ông đã bắt đầu với dược sư tập sự của mình tại Gothenburg khi cậu chỉ mới mười bốn tuổi. Cậu giữ cương vị này trong tám năm trước khi trở thành thư ký của một dược sư ở Malmö. Sau đó, Scheele làm việc như là một dược sĩ tại Stockholm, từ 1770-1775 tại Uppsala, và sau này trong Köping.